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Illumina发布基因云计算平台 处理“天”量数据

2018-02-02 00:00:00 来源: 21世纪经济报道 举报
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    本报记者  卢杉  北京报道

    基因测序的竞争延伸到了云计算。

    “BaseSpace是Illumina在大中华区打造生态圈的重要举措,这一平台还提供从样品制备到出具报告的全流程解决方案。”近日,基因测序巨头Illumina发布了坐标北京的BaseSpace?零维度?基因云计算平台。

    Illumina全球副总裁、大中华区总经理赵瑞林在发布会表示,“Illumina在机器和试剂方面非常领先,但在辅助工具上很多年没有重要进步。BaseSpace在美国用了很多年,但在中国千呼万唤始出来,经历了很多困难。”

    BaseSpace是Illumina提供的基因云计算服务,可以提供基因数据的存储、管理和分析,可帮助企业提高测序能力。同时,它提供了一个完整的生态系统,可以分析管理Illumina测序仪产生的数据,支持各种文库,包括刚刚发布的AmpliSeq for Illumina化学试剂。

    不同于之前的仪器和试剂销售,BaseSpace是Illumina在中国上线的一项新业务,其最早于2012年在美国上市,历时五年落地中国,“本应在测序仪到中国就落地。”赵瑞林解释,除内部资源调控考虑外,中国特殊的环境,如上云端、寻找合作厂商等也是重要原因。

    “BaseSpace的研发初衷不一定要作为盈利性很高的平台,而是为了在整个产业链上起到平台及引领作用。”Illumina生物信息副总监、BaseSpace产品负责人唐顺江对21世纪经济报道记者表示,“在定价策略上,不保证有高利润,主要在于成本、效率间的最佳平衡点。”新用户一个月免费试用,之后会有畅享包和充值付费两种模式。

    从科研、临床到市场,基因测序技术不断发展、检测成本大幅下降和现代人健康意识不断增强,都推动基因测序产业兴起。BBC Research数据显示,全球基因市场总量从2007年的794.1万美元增长至2013年的45亿美元,并预计2018年将达到117亿美元,复合年增长率为21.2%。

    国内基因测序市场经历了2015、2016年爆发,2017年开始陆续上市,如华大基因、贝瑞和康、艾德生物等。

    基因测序的IT痛点

    过去几年,各国都发布了大规模精准医疗计划来检查成千上万人们的基因数据。中国政府2016年公布了为期15年的中国精准医疗计划,过去两年部署了两批约100个精准医疗项目,推动了中国大型测序中心、日益增长的新兴企业以及研究科学家的多领域创新。

    不过,市场发展同时,基因检测业务也面临着诸多痛点。

    测序公司在业务扩大、样本量不断增长的情况下,需要在生物信息学分析检测报告上得到相应扩展。

    首先是数据量爆发增长。“基因测序产生的数据量超过了YouTube视频数据局,基因测序数据以指数级发展。”据赵瑞林提供的数据,目前全球有7万多个BaseSpace注册用户。

    具体到基因检测,还面临着耗时、成本、扩展性、可靠性、安全性和协作等问题。

    “由于竞争激烈,基因检测公司面临非常大的时间压力,除了在实验过程中尽量压缩时间,生物信息学分析的时间也需优化。但加速又面临着能不能在硬件投入上做得更好。”中源协和基因首席技术官罗玺认为,IT的硬件、人员成本居高不下,现有资源与人员需应对业务动态增长,人为错误或者软件配置改变造成的检测结果偏差,业务数据需要长期安全地保留以及数据需要快速与合作伙伴共享,都是目前需要解决的重点。

    基于此,针对数据处理的云计算平台近年来应运而生。

    云平台可以实现高并发计算,减少人工干预,无需在IT硬件和人员上过度投入,系统可以对应业务增长弹性增加基础资源,并经过授权下载数据,即时分享。

    “这个行业发展非常快,但很多公司一开始不知道数据量会有多大、机房设置、人员配备都具有很大不确定性,这是行业痛点。”Illumina大中华区市场总监倪涛认为,“BaseSpace对于这部分用户有很独特的效率。”

    产业链平台

    Illumina BaseSpace产品经理Jay Patel介绍,利用云平台,基因测序科学家可在测序同时向云平台上传数据。一旦测序完成,研究者可以立即使用一系列工具进行分析,并开展科研合作。云平台上的合作工具还支持不同的研究小组,在属于同一个或不同机构的测序平台间协作。

    目前国内的BaseSpace交由北京的光环新网技术有限公司托管运行,这是一家Amazon网络服务公司的合作伙伴,获得ISO27001认证,符合中国的基因数据隐私和合规规定。Illumina在美国和德国法兰克福提供BaseSpace云平台服务。所有站点都将支持最近发布的iSeq测序设备。

    设备和耗材供应商、第三方测序服务商以及新兴的生物信息分析服务商,构成了基因产业链的上中下游;面对科研机构、临床诊断、药企和CRO、个人用户等形成了专业分工。

    基因测序设备和耗材是产业链上利润最高的部分,Illumina目前占据着超过全球2/3的市场份额。

    上游巨头如何更好布局产业链、处理大量基因数据,如何为用户提供更好的服务,达到更好的依存性和高粘度是行业领先者的困境。国内基因测序领头羊华大基因同样面临大量数据的挑战,一位医疗投资人对21世纪经济报道记者解释,“华大拥有大量基因数据,但是数据处理及AI还没有顾得上,华大基因前高管王俊创业碳云智能也是看中了这一方向。”

    Illumina在此方面做了更多尝试。

    除了不断发布新产品NovaSeq、iSeq?100等进行技术迭代,Illumina成立了癌症早筛的血液基因检测公司Grail,与风投公司Telegraph Hill Partners(THP)成立针对法医领域的Verogen,业内认为这是其向产业链中下游发展的态势。

    此前与赛默飞世尔的联手更让业界惊讶,赛默飞授权Illumina销售其优势产品Ion AmpliSeq给Illumina下一代测序平台的科研客户。

    “Illumina和赛默飞在全球市场上依旧是头对头的竞争对手,但从理念上来说,哪怕有竞争,我们还是要打造开放平台,能够跟尽量多的伙伴合作。跟赛默飞的合作肯定是双赢,可促进整个基因测序行业的发展。”

    从整个行业生态圈来看,“中国市场整个产业链还是朝着非常好的方向在发展。以前中国市场的企业就买了一堆机器,其实不用,但现在试剂占我们销售比重越来越高,说明很多机器在用。因为测序仪不是一次性消费,必须有样本量,这个现象从整个生态圈来说是非常正面的一个发展方向。”

    (编辑:陆宇,如有意见或建议请联系:lushan@21jingji.com,luyu@21jingji.com)

netease 本文来源:21世纪经济报道 责任编辑:王晓易_NE0011
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