大部制改革方案中铁道部被裁撤，组建中国铁路总公司。公众普遍关心的是两个问题：一是铁道部2.6万亿元的负债怎么办？二是铁路票价是否会提高？第一个问题官方回应为：负债全部由中国铁路总公司承担，不会由纳税人埋单。第二个问题官方回应为：铁路将实现市场化运营，且目前的铁路票价是较低的。

如果把这两个问题的官方回应联系在一起，完整答案浮出水面：铁道部负债已经很高，为防止日本铁路改革对国家财政形成巨额负担的教训在中国重演，政府决定甩包袱，将负债转入企业性质的中国铁路总公司。中国铁路总公司如何偿还负债？对铁路实行市场化运营，提高票价至市场水平。即负债由铁路乘客埋单。

但问题是，中国铁路能市场化运营吗？首先，在前期铁路建设过程中，国家财政拨付了大量资金，如2012年中央财政就划拨铁路建设300亿元，实际上这是由中国纳税人支付的。其次，中国铁路总公司将成为铁路市场上的垄断经营者，市场竞争环境并未形成，市场准入处于封闭状态，又何来市场定价？再者，铁路运营对国家经济活动有重要的支撑作用，货运票价提高将增加物流成本，降低行业竞争力（如煤炭）。

要市场化运营，中国铁路应由建运合一改革为建运分离模式。这是在日本、韩国、德国和世界上许多地区广泛运用的模式。国家铁路局仍然负责铁路规划和建设且不以盈利为目的。铁路建成后，以建设成本转让或租赁给铁路运营公司。铁路运营公司负责铁路运营维护，并制定票价。而租赁招标可采用票价低者得的模式，使铁路运营公司展开市场竞争。